Fuenlabrada được thành lập vào năm 1975. Năm 1986, đội lần đầu tiên được thăng hạng lên Tercera Division. Đội trở lại Segunda Division B trong 30 năm tiếp theo. Vào ngày 2 tháng 6 năm 2019, Fuenlabrada lần đầu tiên thăng hạng lên Segunda División bằng cách đánh bại Recreativo Huelva với chiến thắng lượt đi 3-0 trên sân nhà và trận lượt về hòa 1-1 trên sân khách.